Tra i primi incarichi che Leonardo riceve una volta giunto a Milano, c’è l’esecuzione di una pala d’altare per la Confraternita di Santa Maria della Concezione: la Vergine delle Rocce che avrebbe dovuto trovare posto nella cappella della chiesa di San Francesco Grande a Milano. Oggi di questo capolavoro esistono due versioni: una è conservata al Louvre, la seconda si trova alla National Gallery di Londra. Secondo il dettagliato contratto siglato con i religiosi, il maestro deve partecipare alla realizzazione di un trittico. A lui spetta il pannello centrale, mentre i due laterali, per i quali i confratelli chiedono quattro angeli che cantano e suonano, sono affidati ai fratelli pittori Evangelista e Giovanni Ambrogio De Predis. Per l’intelaiatura lignea infine è incaricato Giacomo del Maino. Per motivi non ancora del tutto chiari, Leonardo cambia il soggetto della tavola e sceglie il leggendario incontro tra i piccoli Gesù e Giovanni. In seguito a una diatriba insorta tra l’artista e la Confraternita, l’opera resta incompiuta. Per alcuni studiosi l’opera presenta elementi non pienamente ortodossi e quindi viene respinta dai confratelli dell’Immacolata. In realtà il contenzioso sembra essere stato di natura squisitamente economica. Ad ogni modo, nel frattempo il maestro abbandona Milano. Forse anche la seconda versione della pala è già avviata prima della sua partenza, ma certo è che viene completata solo durante il suo secondo soggiorno milanese. Ad accogliere la scena è un paesaggio roccioso, caratterizzato da fiori e piante acquatiche, descritti con minuzia da botanico. In lontananza si intravede un corso d’acqua. Al centro, Maria allunga la mano destra a proteggere il piccolo san Giovanni in preghiera, inginocchiato e rivolto a Gesù Bambino, che si trova più in basso, a destra, in atto di benedirlo e con il corpo in torsione. Dietro c’è un angelo che accenna un leggero sorriso e indica con la mano destra il Battista. Sullo sfondo si aprono vedute di speroni rocciosi e gruppi di rocce irte. La natura ha un ruolo molto importante, il paesaggio è fantastico, ma nei dettagli Leonardo lo immagina partendo dai suoi studi dal vero. Secondo alcuni, la scena dell’incontro tra Gesù e Giovanni Battista richiama un paesaggio roccioso simile ai Tre Corni, i tre massi, oggi in gran parte ricoperti dalla vegetazione, che fanno bella mostra di sé fra le turbinose rapide dell’Adda, presenti dopo Paderno, dove il fiume scorre profondamente incassato. È lo stesso luogo indicato negli studi idraulici di Leonardo, che qui immagina di realizzare un ardito canale per consentire la navigazione ininterrotta tra Milano e Lecco.